Kvarnsjön i Lissma är en grund och näringsfattig skogssjö av brunvattentyp. Den omges av främst mager tallhällmark och myrmark. Kvarnsjön avrinner söderut genom ett dämme och vidare genom en gammal kvarndamm ned till Lissmaån och sedan vidare till Drevviken. Kvarnsjön ingår i Tyresåns sjösystem.
Kvarnsjön med omgivningar är Natura 2000-område och ingår i Lännaskogens naturreservat.
Vattnet är naturligt starkt brunfärgat av humuspartiklar, varför denna typ av sjö även kallas för brunvattensjö (dystrof sjö). Det brunfärgade vattnet gör att siktdjupet är begränsat. Den grunda sjön växer på sikt igen med gungflyn. Dess nordöstra del är redan till stor del igenväxt. En kvarvarande vattenspegel i denna del bildar en egen liten tjärn. I själva sjön finns också öar av gungflymattor med små tallar på. Gungflyet består av vitmossemattor i vilka kärlväxter, såsom sileshår och tranbär samt tuvull och starrar, växer.
Sjön har hög ekologisk status vad gäller de vattenväxter som ingår i bedömningen. Här finns en av Huddinges artrikaste trollsländemiljöer.
Kvarnsjön med omgivningar är ett Natura 2000-område. Det betyder att den har höga naturvärden i ett europeiskt perspektiv och ingår i dess nätverk av skyddad natur. Citronfläckad kärrtrollslända (Leucorrhinia pectoralis) är en av de arter som särskilt ska skyddas här.
Sjön och omgivningen ingår i Lännaskogens naturreservat och har särskilda föreskrifter som hindrar skogsbruk. Området är också av riksintresse för det rörliga friluftslivet och ingår i Hanvedenkilen inom den regionala grönstrukturen. På hösten lägger sig isen tidigt på sjön och många stockholmare har årets skridskopremiär här. Promenader, sportfiske, bad från klippor, svampplockning och en stilla picknick är de vanligaste fritidsaktiviteterna vid sjön.
