Kärrsjön är en liten skogssjö omgiven av naturmark, på gränsen mellan Botkyrka och Huddinge kommuner. Vattnet är naturligt starkt brunfärgat av humuspartiklar, varför denna typ av sjö även kallas för brunvattensjö. Siktdjupet är därför begränsat. Vattnets pH är nära neutralt och sjön har mycket god buffertkapacitet mot försurning.
Kärrsjön ligger först i sin gren av Tyresåns sjösystem och rinner via Mellanbergsravinen och Kvarnbäcken/Ebbadalsdiket ned till Orlången. Halva Kärrsjön ligger i Gladö Kvarnsjöns naturreservat.